Perata è stato Rettore della Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa dal 2013 al 2019. In precedenza ha ricoperto posizioni di Ricercatore all’Università di Pisa, Professore Associato all’Università di Bari e Professore Ordinario all’Università di Modena e Reggio Emilia. Si è formato presso l’Università di Pisa, dove ha conseguito il dottorato di ricerca in Biologia Agraria nel 1991, e ha svolto attività di ricerca presso la Nagoya University in Giappone come JSPS fellow e visiting scientist.
È socio dell’Accademia Nazionale delle Scienze detta dei XL e dell’Accademia dei Georgofili. Nel 1994 gli è stato conferito il FESPB Award dalla Federation of European Societies of Plant Physiology per l’eccellenza nei risultati scientifici.
I suoi interessi di ricerca comprendono la fisiologia dell’ipossia nelle piante, il sensing e il signaling degli zuccheri, la fisiologia dello iodio e, più recentemente, la biologia dei piccoli RNA e la segnalazione mediata da RNA esogeni. È autore di oltre 190 articoli pubblicati in riviste scientifiche di primo piano a livello internazionale, tra cui Nature, Science, Nature Communications, Nature Plants, PNAS, Molecular Plant, The Plant Cell, Plant Physiology, The Plant Journal, Plant Communications e Trends in Plant Science.
Attualmente è Presidente della International Society for Plant Low Oxygen Research e coordina il PlantLab presso la Scuola Sant’Anna; in precedenza è stato Presidente della Società Italiana di Biologia Vegetale.
